About this role
Mission
L'ingénieur aura pour mission principale de définir et développer un pipeline d'analyse de données de métabarcoding pour le traitement des données générées dans le cadre du PEPR Dynabiod :
- Définir le pipeline en collaboration avec l'ingénieur responsable de l'encadrement et les autres membres du projet.
- Développer le pipeline en Nextflow en privilégiant la réutilisation de composants déjà existants (nf-core) et en apportant un soin particulier à la modularité.
- Evaluer les performances tant en terme de ressources informatiques nécessaires qu'en terme de fiabilité des résultats obtenus
Activités
- Veille scientifique et bibliographique pour la définition du pipeline et de ces différentes étapes.
- Développer le pipeline à l'aide de Nextflow mais également, si nécessaire, des scripts de traitement pour les étapes internes du pipeline (bash, python et R)
- Documenter les développements, rédiger des tutoriaux et assurer un support technique aux utilisateurs
- Communiquer et valoriser les résultats auprès de la communauté scientifique (présentations lors de réunions du consortium, conférences ou workshops, participation à la rédaction des publications scientifiques valorisant les outils développés)