About this role
Mission
Nous recrutons un ingénieur de recherche en bioinformatique pour rejoindre le PEPR Dynabiod « Dynamiques de la biodiversité terrestre dans l'anthropocène : comprendre pour agir », un programme de recherche visant à concevoir et déployer des outils de suivi de la biodiversité nouvelle génération, basés notamment sur l'ADN environnemental (ADNe).
Les missions principales consisteront à :
- Développer un package R permettant d'évaluer des amorces et marqueurs moléculaires utilisés pour le métabarcoding ADN
- Mettre en place un système de gestion des séquences ADN de référence spécifiques aux marqueurs moléculaires utilisés pour le programme
- Si le temps le permet, développer une application web associée au package
Activités
- Concevoir et développer en langage R (fonctions, tests unitaires, documentation)
- Automatiser l'interrogation de ressources en ligne (Genbank, BOLD, SILVA, etc) pour la création et la mise à jour des bases de référence
- Communiquer et valoriser les résultats auprès de la communauté scientifique (présentations lors de réunions du consortium, conférences ou workshops, participation à la rédaction des publications scientifiques valorisant les outils développés)