About this role
### Das sind Ihre Aufgaben:
- Aufbau, Weiterentwicklung und Pflege von Software und Analysepipelines zur Verarbeitung von Next-Generation-Sequencing-(NGS)-Daten - Entwicklung, Implementierung und Validierung bioinformatischer Workflows für wissenschaftliche und diagnostische Fragestellungen - Automatisierung von Analyse-, Test- und Deployment-Prozessen sowie Weiterentwicklung der hierfür eingesetzten Entwicklungs- und Betriebsumgebungen - Einsatz und Integration moderner DevOps-Strukturen, insbesondere für Versionsverwaltung, CI/CD, Containerisierung, Monitoring und automatisierte Bereitstellung von Anwendungen - Administration und technische Betreuung Linux-basierter Serversysteme und bioinformatischer Anwendungen - Verantwortung für Hard- und Software diagnostikrelevanter Systeme und Geräte in enger Zusammenarbeit mit der klinikinternen IT-Abteilung - Analyse, Verarbeitung und Interpretation großer genomischer Datensätze im wissenschaftlichen und diagnostischen Kontext - Dokumentation von Software, Analyseworkflows und technischen Prozessen unter Berücksichtigung der Anforderungen eines diagnostischen Umfelds
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### Darauf kommt es uns an:
- erfolgreich abgeschlossenes Studium der Bioinformatik, Informatik oder einer vergleichbaren Fachrichtung - sicherer und selbstständiger Umgang mit mindestens einer Programmiersprache; vorhandener Code soll unabhängig von KI-gestützten Werkzeugen entwickelt, verstanden, geprüft und weiterentwickelt werden können - gute Kenntnisse im Umgang mit Linux-Systemen und der Kommandozeile sowie Erfahrung mit Bash/Shell-Skripten - sicherer Umgang mit Git und Erfahrung mit einer Plattform zur kollaborativen Softwareentwicklung, z. B. GitLab, GitHub oder Bitbucket - Verständnis moderner Softwareentwicklungs- und DevOps-Prozesse sowie Erfahrung in mehreren der folgenden Bereiche: - CI/CD: automatisiertes Bauen, Testen und Bereitstellen von Software, z. B. mit GitLab CI/CD, GitHub Actions oder Jenkins - Containerisierung: insbesondere Podman bzw. vergleichbare Containertechnologien - Automatisierung: Automatisierung wiederkehrender Analyse-, Test-, Deployment- und Administrationsaufgaben - Linux- und Serveradministration - Monitoring und Logging: z. B. Prometheus, Grafana oder ELK - Netzwerkgrundlagen: insbesondere DNS, HTTP/HTTPS, TCP/IP und Reverse Proxies - Cloud-Technologien: z. B. AWS, Microsoft Azure oder Google Cloud - Infrastructure as Code: z. B. Terraform oder Ansible - Security/DevSecOps: Berücksichtigung von Sicherheitsaspekten innerhalb von Entwicklungs-, Test- und Deployment-Prozessen - grundlegendes Verständnis molekulargenetischer Zusammenhänge bzw. die Bereitschaft, sich intensiv in diese einzuarbeiten - gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift - ausgeprägte Zuverlässigkeit und Genauigkeit sowie ein hohes Verantwortungsbewusstsein - selbstständige, strukturierte und lösungsorientierte Arbeitsweise sowie gute kommunikative Fähigkeiten
Nicht alle der folgenden Kenntnisse werden vorausgesetzt. Erfahrungen in einzelnen Bereichen sind jedoch von Vorteil:
- Kenntnisse in der objektorientierten Softwareentwicklung - Erfahrung mit weiteren Programmiersprachen und Skriptsprachen, z. B. Java, Python, R, PHP oder Perl - Kenntnisse in Webtechnologien und Frameworks, z. B. Laravel/PHP, React, jQuery oder in einem vergleichbaren bzw. moderneren Technologie-Stack - Erfahrung mit Workflow-Sprachen und Workflow-Management-Systemen, z. B. WDL - Kenntnisse relationaler Datenbanksysteme, insbesondere MySQL/MariaDB - Erfahrung im Umgang mit großen Datenmengen und entsprechenden Speicher- und Datenmanagementkonzepten - Kenntnisse in paralleler bzw. verteilter Datenverarbeitung - Erfahrung mit NGS-Analysepipelines und gängigen bioinformatischen Werkzeugen - Erfahrung im molekulargenetischen bzw. humangenetischen Diagnostikumfeld
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### Wir bieten Ihnen noch mehr:
- Teamvielfalt mit gemeinsamer Haltung: Zusammenarbeit mit unterschiedlichsten Berufsgruppen und Persönlichkeiten – verbunden durch Verantwortungsbewusstsein, Pragmatismus und den gemeinsamen Auftrag, die Versorgung am UKJ zu unterstützen. - Begegnung & Austausch im Alltag: Mehrere Cafeterien als soziale Treffpunkte für kurze Pausen, Austausch über Berufsgrenzen hinweg und kleine Auszeiten im Arbeitsalltag. - Stabilität mit Sinn: Öffentlicher Arbeitgeber mit verlässlichen Strukturen, transparenten Rahmenbedingungen und dem guten Gefühl, Teil von etwas gesellschaftlich Relevantem zu sein. - Gesundheit & Wohlbefinden: Betriebliches Gesundheitsmanagement, Präventions- und Sportangebote sowie regelmäßige Team Events
Kennziffer: 298/2026
\* Befristet für einen Zeitraum von 2 Jahren mit Option auf Verlängerung.
*Unabhängig von Herkunft, Alter, Geschlecht oder* [*Behinderung*](https://www.uniklinikum-jena.de/Beruf+_+Karriere/Bewerberguide+_+Hinweise/Schwerbehinderte+Bewerbende.html) *– bei uns am Universitätsklinikum Jena sind Sie willkommen.*