About this role
RESPONSABILITÉS : La plateforme de bioinformatique de l'Institut Imagine / SFR Necker assure l'analyse, l'interprétation et la gestion des données issues des technologies de séquençage à haut débit pour les équipes de recherche et les projets translationnels du Campus Necker. Au sein du pôle Production et reséquençage, il contribue à la coordination des activités en lien avec les plateformes de séquençage, les équipes de recherche, les cliniciens & ingénieurs. Participe au bon fonctionnement des activités de production, à la valorisation scientifique des données générées et à l'évolution des méthodes d'analyse. Dans un contexte d'augmentation continue du volume de données produites (génomes, exomes, transcriptomes, données long-read et single-cell) et de diversification des projets collaboratifs, ce poste contribue à assurer la continuité des activités de production, le maintien de la qualité des analyses et l'accompagnement des utilisateurs de la plateforme. Missions principales - Coordonner les activités scientifiques, techniques et organisationnelles du pôle Production et reséquençage - Organiser les activités d'analyse des données de séquençage à haut débit - Animer une équipe de trois ingénieurs et contribuer à la répartition des activités - Veiller à la qualité, à la reproductibilité et à la traçabilité des analyses réalisées - Assurer le suivi des projets de séquençage en lien avec les équipes de recherche et les plateformes technologiques - Participer au développement & à l'évolution des méthodes, outils et infrastructures dédiés à l'analyse des données génomiques Activités - Organiser et coordonner les activités d'analyse des données de séquençage de la plateforme - Contribuer au suivi de la production & veiller à la qualité des résultats délivrés aux équipes de recherche et aux projets translationnels - Développer et faire évoluer les pipelines et outils d'analyse de données génomiques - Assurer le suivi des données & des projets de séquençage - Apporter une expertise méthodologique aux chercheurs pour l'analyse et l'interprétation des données - Coordonner les activités d'une équipe de 3 ingénieurs - Participer à la formation des utilisateurs et diffusion des bonnes pratiques - Contribuer aux projets scientifiques collaboratifs & à l'évolution technologique de la plateforme - Participer aux réunions, formations, congrès et groupes de travail - Assurer une veille scientifique et technologique PROFIL RECHERCHÉ : Connaissances - Génomique, génétique humaine et biologie moléculaire - Technologies de séquençage à haut débit (Illumina, PacBio, Oxford Nanopore) - Analyse de données NGS : panels, exomes, génomes, transcriptomique, single-cell et long-read - Gestion et structuration des données biologiques à grande échelle - Environnements de calcul haute performance (HPC) - Bonnes pratiques de développement logiciel et de reproductibilité des analyses - Langages de script (Bash) et bases de données relationnelles - Outils classiques de bioinformatique appliqués au séquençage - Anglais scientifique et technique Compétences opérationnelles - Maîtrise des technologies de séquençage à haut débit (NGS) et de leurs applications - Maîtrise des méthodes d'analyse de données de panels, exomes, génomes, transcriptomique (RNA-seq), single-cell et long-read - Connaissance des principaux outils d'analyse génomique et transcriptomique - Bonne compréhension de la génétique humaine, de la génomique et de la biologie moléculaire - Maîtrise des formats de données biologiques (FASTQ, BAM/CRAM, VCF, GTF...) et des standards de qualité associés Informatique et gestion des données - Maîtrise des environnements Linux/Unix - Connaissance des langages de scripting (Bash, Python, Perl ou équivalent) - Connaissance des systèmes de gestion de bases de données relationnelles (MySQL, PostgreSQL ou équivalent) - Utilisation des outils de gestion de versions (Git) et des bonnes pratiques de développement logiciel - Connaissance des infrastructures de calcul haute performance (HPC) et des ordonnanceurs de tâches - Connaissance des principes de gestion, sécurisation & de traçabilité des données scientifiques Soft-skills - Sens de l'organisation - Rigueur scientifique et méthodologique - Esprit d'analyse et capacité de synthèse - Aptitude à la coordination et au travail en équipe - Autonomie, capacité d'initiative - Qualités relationnelles & pédagogiques - Réactivité face aux demandes prioritaires - Capacité à évoluer dans un environnement multidisciplinaire Niveau de diplôme souhaité Diplôme d'ingénieur ou Master en bioinformatique, génomique, biologie computationnelle ou discipline équivalente Conditions particulières d'exercice - Participation au suivi de projets nécessitant le respect de délais contraints, notamment dans le cadre de projets prioritaires ou à visée translationnelle Contrat - Contrat à durée ...